בשנת 2009 יוטמעו במעבדה שני שעונים אטומיים נוספים ומקלטי GPS. מחירו של שעון אטומי והמערכת הנלווית אליו נאמד בכ-700 אלף שקלים. ההטמעה במעבדה הלאומית לפיסיקה מתבצעת לנוכח התיישנות שעונים קיימים והצורך בהחלפתם.
שעון אטומי מסוג צזיום 133 משמש כשעון תקני (מדעי) במרבית המעבדות הלאומיות בעולם לקביעת זמן. שעונים אטומיים, נחשבים למדויקים ביותר ומגיעים לרמת דיוק מדהימה - סטייה של שנייה אחת לכל 300 שנים. השעונים מבוססים על מדידת מחזורי התנועה של האלקטרונים סביב גרעין אטום.
ד"ר איליה קוסלמן, המנהל המדעי של המעבדה הלאומית לפיסיקה במשרד התמ"ת, ציין כי המעבדה הלאומית לפיסיקה מהווה למעשה את השעון של המדינה. זמן ישראל נקבע לפי חוק הזמן משנת 1992. המעבדה קובעת ומודדת את הזמן והתדר – המשמשים לצרכים ביטחוניים ואזרחיים (שידורי טלוויזיה, שיחות טלפון, מכשירי ניווט ועוד). תהליך המדידה מתבצע בתיאום עם 42 תחנות מדידה שונות ברחבי העולם, וזאת במטרה לחשב את הזמן העולמי. כל הנתונים מכל התחנות בעולם מועברים מדי חצי שעה לארגון ה-UTC בפאריז. הארגון העולמי מעבד את הנתונים ומסונכרן לגבי הזמן המדויק עם כל התחנות בעולם.
פוקוס טלקום מסנכרנת ומתחזקת באמצעות שעונים אטומיים מתוצרת symmetricom את רשתות התקשורת הקוויות והסלולאריות בארץ, לרבות רשתות התקשורת של בזק, הוט טלקום, קווי זהב, סלקום,פלאפון, פרטנר וחברות נוספות, כמו גם רשתות צבאיות.